敦煌市中医医院建于1983年，是国家中医药管理局确定的“二级甲等中医医院”。医院占地面积6231m2，建筑面积12100m2，开方病床180张，全院现有职工286人，其中正式职工117人，临聘人员135人，退休职工34人。卫生技术人员229人，高级职称12人，中级职称36人，初级职称181人。医师人员：60人，护理人员：93人，医技：31人，其它68人。医院目前有CT、彩超、数字胃肠机、血液透析仪、X光机、内窥镜、生化分析仪、眼科检查各种设备、熏蒸机等医疗设备180余台件，开设门诊、内科、外科、妇产科、儿科、眼科、肛肠科、急诊科、针灸科、骨伤科、康复科、麻醉科、皮肤科、肾病科等24个临床科室；药剂科、放射科、检验科、功能科、消毒供应室、手术室6个医技科室；院办室、医务科、护理部、财务科等8个职能科室和体检科、公共卫生科、北台门诊等6个其他科室。是管理科学、设备专业、医疗服务规范、医疗技术水平较高的综合性中医医院。

近年来，医院坚持“以病人为中心，以发挥中医特色优势为宗旨”的办院思想，坚持“以人为本、科技兴院、专科带院、服务活院”的办院思路，把专业中医特色，强化专科专病，搞好中医服务作为重点，不断加强内涵建设，大胆探索人事、分配制度的改革，使医院向高效、优质、低耗的管理模式发展，满足了不同层次人群的中医医疗保健服务需求。医院眼科、肾病科、肛肠科、骨伤科、针灸科、康复推拿科、糖尿病科、风湿病科等专科已形成辐射周边县区的特色医疗，肛肠科为酒泉市重点专科，眼科为甘肃省中医药重点专科，肾病科被确定为国家农村医疗机构特色专科，针灸科被评为酒泉地区重点专科，目前正在积极创建省级重点专科，骨伤、妇产科正在申报市级及省级重点专科。近年来“喘证证型与肺功能之间的关系研究”、“肥胖打鼾患者夜间简易睡眠呼吸检测观察”、“安神补脑液合雷尼替丁治疗非糜烂性胃食管返流病夜间灼热感的疗效观察”、“基层医院角膜深层异物治疗与分析研究”“莫高艾灸法治疗产后痹症的临床应用与研究”等20余项科研成果分别荣获地、市级科技进步奖，有“硝硼散在肛门病术后的应用”、“滋肝润目散治疗干眼症分析与研究”等200余篇学术论文在国家级、省级刊物上发表。同时，医院承担着甘肃中医学院、省中医学校、酒泉卫生学校等院校的教学医院工作，被国家中医药管理局确定为视频教育基地，被敦煌市卫生局确定为“西学中”及中医适宜技术推广培训基地，另外被上级部门确定为医保、农合、保险等定点医疗单位，承担着青海海西州、阿克塞等周边地区的医疗保障服务，2013年11月，医院被甘肃省卫生厅确定为职业病健康体检单位。医院先后荣获甘肃省诚信建设单位示范点、地级文明单位、全市窗口行业创建文明系统示范点，思想政治工作专业集体等。2015年被评为酒泉市“平安医院”建设单位。